As funções preenchidas pelos Aprendizes contratados devem ser computadas para efeito da base de cálculo da cota de pessoas com deficiência?

Não. O contrato de aprendizagem é de natureza especial, de prazo determinado, cujo objetivo é a formação profissional do adolescente ou jovem, por isso não deve ser incluído no cálculo da cota de pessoas com deficiência.